In questa avventura i Cavalieri dello Zodiaco si trovano ad affrontare la malvagia dea Discordia e i guerrieri in armatura da lei resuscitati. Pegasus, Andromeda, Phoenix, Sirio e Crystal dovranno liberare Lady lsabel, reincarnazione della dea Athena, prima che la perfida Discordia riesca ad assorbirne la linfa vitale uccidendola. La battaglia finale sarà vinta solo grazie all'Armatura d'Oro e al decisivo intervento di Phoenix.

Crystal tenta di salvare tra i ghiacci polari un uomo assalito da misteriosi guerrieri: sebbene lo sforzo si riveli inutile, il Cavaliere del Cigno viene comunque messo in guardia, dall'ormai morente vittima dell'aggressione, sulle mire del paese nordico di Asgard. Dopo questo episodio, però, Crystal scompare misteriosamente... Sulle sue tracce giungono ben presto ad Asgard Lady Isabel e gli altri Cavalieri dello Zodiaco, che vengono ricevuti con grandi onori da Balder, Ministro di Odino, ma restano dubbiosi sulla sua sincerità. Il perfido sacerdote, infatti, che mira estendere il suo dominio più a sud, fa rapire Lady Isabel e scaglia contro i Cavalieri dello Zodiaco i suoi fortissimi guerrieri, tra i quali si nasconde lo stesso Crystal, privato della memoria.

In questa nuova avventura i Cavalieri dello Zodiaco affronteranno una inaspettata minaccia: il tradimento di Athena! Il dio Apollo è infatti tornato sulla Terra per mondare il pianeta dei suoi molti peccati, ma questa volta Lady Isabel, anzichè opporsi all'incombente pericolo, sembra preferire affiancarsi al fratello mettendosi sotto la custodia dei Cavalieri d'Oro da lui resuscitati. Pegasus e i suoi compagni non sono però disposti ad abbandonare Athena e partono così alla volta della Grecia, dove affronteranno i terrificanti potere delle Armature della Corona e scopriranno che non tutti i Cavalieri d'Oro tornati in vita hanno realmente tradito (ad eccezione di Cancer e Fish).

Pegasus, Dragone, Crystal, Andromeda e Phoenix affrontano in questo film inedito il più potente e spietato degli avversari: Lucifero, il Sovrano degli Inferi. Disceso sulla Terra per brama di vendetta, decapita la statua di Athena ed erge la sua fortezza nei pressi del Grande Tempio, facendo strage dei Cavalieri d'Oro. Affiancato dagli spiriti di Nettuno, Apollo e Discordia, le tre malvage divinità che i cavalieri di Athena avevano faticosamente sconfitto nelle loro precedenti avventure, Lucifero lancia un ultimatum a Lady Isabel: la giovane dovrà sacrificarsi o l'intero pianeta verrà devastato dalla sua furia demoniaca. Come potranno i Cavalieri dello Zodiaco contrastare un nemico così potente? E' giunta la fine per la Dea della Giustizia? Si profila all'orizzonte l'ultima battaglia…

Dopo la guerra contro Hades, Pegasus è ridotto su una sedia a rotelle. La dea Artemide vuole annientare l'umanità e tutti i cavalieri che si sono ribellati agli dei; Athena, per salvare la vita a Pegasus, rinuncia al suo titolo di dea e consegna il Grande Tempio alla sorella Artemide. Pegasus riacquista le sue forze e, con l'aiuto di Sirio, Crystal, Andromeda e Phoenix, ritorna in Grecia per combattere contro Artemide e i suoi Angels. Alla fine, si scopre che non è solo Artemide a voler distruggere l'umanità, ma anche il dio Apollo... Questo film, di cui i protagonisti indiscussi sono Pegasus, Athena e Icarus (un Angel) è basato soprattutto sul contrasto uomo-dio ed è il preludio ad una imminente guerra contro gli dei dell'Olimpo.